卫生行政管理职能。主要指对村卫生室的管理和协助县级卫生行政部门履行的管理职能。随着公共财政对村级卫生组织投入的增加，实行县乡村卫生服务“一体化”管理已成大趋势。为促使村卫生室更好地承担、履行基本医疗和公共卫生服务职能，乡镇卫生院必须担负起对村卫生室的管理职责。合理划分乡镇卫生院和村卫生室的服务范围和功能，加强业务指导和培训，强化监管，规范服务行为。在有条件的地区，积极探索村卫生室作为乡镇卫生院派出机构的管理模式。此外，还要切实承担起协助有关部门组织开展爱国卫生运动、农村居区改水改厕、环境卫生综合整治、卫生乡镇和卫生村的创建等职能。

　　传染病防治职能。乡镇卫生院作为农村疾病预防控制的中心环节，在履行基本公共卫生职能中，必须把慢性病、传染病、地方病防控作为重点，建立和完善体系和制度，强化疾病预防的基础建设和功能建设。在传染病防治方面具体需要履行好以下职能：一是主动搜寻和发现传染病人，按规定实施隔离治疗，按要求转诊，并及时向上级部门报告传染病疫情及相关信息；二是协助有关部门对区域内传染病疫情开展流行病学调查；三是承担区域内重点人群预防接种工作，指导学校和托幼机构落实疾病防控措施；四是开展健康教育，普及卫生防病知识，提高农村居民防病意识和能力。

　　卫生执法监督职能。以乡镇卫生院为依托，采取派驻机构或职能委托的形式，推行卫生监督下沉和关口前移，对健全和完善基层卫生监督网络有着积极意义：一是扩大卫生监督覆盖面，解决农村居区尤其是偏远地区存在的卫生执法监督“盲区”和缺位问题，打造无缝隙卫生监督体系；二是乡镇卫生监督机构在提供“零距离”服务中，能够快速受理基层群众的投诉和办证需求，提高行政工作效率；三是卫生监督员进村入户进行宣传和指导，可提高群众法律和健康意识，有效防范食物中毒等事件发生；四是卫生院承担卫生监督职能后，能够自觉做好院内感染控制、医师依法执业等工作，促进自身管理水平的提升。

　　健康管理职能。在国家基本公共卫生服务项目中，为农村居民建立健康档案是一项基础性工作。这项工作将由乡镇卫生院和村卫生室卫生人员通过患者就诊、入户和免费体检等形式开展。值得强调的是，建立健康档案只是手段，不是目的，关键在于档案的使用、分析以及后期的健康管理。随着城乡一体化进程的加快，乡镇卫生院要主动承担起“农村社区”的职能，转变服务模式，变坐等上门为主动服务，变个体服务为群体服务，深入家庭、学校，针对群众的主要健康问题，落实“无病早防、有病早治”的健康干预措施，为农村牧区群众提供全方位、连续的基本医疗保健服务。

　　突发事件应对职能。陈竺部长在阐述四大体系关系中指出，医疗服务体系和疾病防制体系结合的环节主要在城乡基层医疗卫生机构和处置突发公共卫生事件以及人才培养。他强调，在应对和处置突发公共卫生事件上，需要两大体系的积极有效配合。乡镇卫生院集医疗和公共卫生服务职能为一体，是应对突发公共卫生事件的“触角”，承担着发现、报告和第一时间应急处置等职责。但目前乡镇卫生院尚存在着应急资金短缺、物资储备不足、人员素质低下等问题，需要进一步加大基础和信息化建设，应急制度和队伍建设，急诊和急救能力建设等，以提高重大疫情、集体中毒等突发事件的预防和应急能力。

　　妇幼卫生保健职能。多年来，乡镇卫生院在落实初级卫生保健任务中，积极开展孕产妇和儿童卫生保健，对提高农村牧区孕产妇住院分娩率，降低孕产妇和婴儿死亡率，提高妇女儿童健康水平发挥了重要作用。国家在实施重大和基本公共卫生服务项目中，将农村牧区妇女补服叶酸、两癌检查、儿童保健、孕产妇保健和免疫规划作为专项工作予以力推。乡镇卫生院是落实公共卫生服务项目的主力军，要根据国家和地区要求，不断丰富项目内涵，拓展项目外延，深入推进妇幼卫生保健工作的开展。还要以落实项目为契机，在完成既定目标任务的基础上，强化和完善自身服务能力建设。

　　农村居区康复治疗职能。乡镇卫生院开展康复治疗，从大方面讲，对节省卫生资源、方便群众就医、减轻患者负担有着积极意义；从自身讲，可以拓宽服务范围，增强服务功能。目前，绝大多数的乡镇卫生院还不能承担康复治疗职能，主要原因是县乡医疗机构之间的双向转诊机制还不完善。一方面，要在乡镇卫生院设立康复科，配备相应的设备和技术人员，并将康复治疗费用纳入新农合报销范畴，逐步建立和完善农村居区康复功能；另一方面，要加强基层卫生机构纵向合作与联系，建立规范的双向转诊机制，畅通康复病人转诊通道；此外，还要加强与民政部门的合作，共同做好敬老院等机构老年慢病的康复工作。

　　弘扬和发展民族医药职能。中医和蒙医等民族医药是我国卫生事业独具的特色和优势，在防治农村居区常见病、多发病，特别是老年性、功能性、慢性非传染性疾病方面，具有着明显的优势，其“简、便、验、廉”的特点也深受广大农村居民群众和欢迎和喜爱。乡镇卫生院作为与群众联系最密切、服务人口最多的一级医疗机构，是弘扬和发展中医和民族医药的主阵地，这块阵地不仅不能丢，而且要强化。要加大扶持力度，重点加强完善农村牧区中医和民族医药体系建设，将民族医药纳入基本医疗和基本药物制度，不断丰富服务内涵，充分发挥其在为基层群众提供基本医疗和公共卫生服务中的作用。